Bon pour mes backups, je suis définitivement passé à BorgBackup. Il est vraiment excellent: historisation, compression, dé-duplication, chiffrement, intégrité... très bien !  Et très simple à utiliser.
Tant que j'y suis, voici ma procédure de sauvegarde (si ça peut aider): http://sebsauvage.net/wiki/doku.php?id=disque_externe