Depuis la version 1.2.0 de borg, vous aurez peut-être remarqué que quand vous faite un "borg delete" ou "borg prune" l'espace disque n'est pas toujours libéré.
La raison est la suivante: Quand vous supprimez une archive, une partie des données dans chaque segment (ces fichiers de 500 Mo de borg) contient des données qui ne sont plus utilisée dans aucune archive. Il faudrait donc ré-écrire ces segments de 500 Mo pour en retirer les données inutiles.
Afin d'éviter la ré-écriture trop fréquente des segments, borg ne nettoie plus systématiquement les segments.

Pour les libérer de force, faites:
borg compact --progress --cleanup-commits /repo

Cela va vous libérer de l'espace disque.