Timo a raison. Sous Linux, il existe même des extensions pour faire apparaître un serveur FTP comme un dossier local (ftpfs).  Et ça vous garantie que vous pouvez accéder à votre "cloud" sans client propriétaire. (ah... et c'est fiable, aussi.)

J'aurais quand même une préférence pour ssh. Non seulement c'est chiffré (et les flux de données compressés), mais ça permet quelques bricoles supplémentaires (comme lancer une ligne de commande sur un site distant et la piper en local, ou faire tunnel TCP. C'est très cool :-).
ssh permet également de s'amuser avec rsync ou rdiff-backup.
(J'ai même un serveur ssh sur mon Android.)