Ça c'est l'un des gros gros points noirs de Linux: Les myriades de fichiers cachés (commençant par un point) que les applications utilisent pour stocker leurs données (configuration, etc.) dans chaque répertoire utilisateur.
Même si les fichiers ne sont pas visibles, c'est un énorme bordel.
En tant que développeur, il y a pourtant des règles à suivre pour limiter ce chantier ($XDG_DATA_HOME/$XDG_CONFIG_HOME/$XDG_CACHE_HOME...).
EDIT: Et sous Python, il y a une lib portable pour ça : https://pypi.org/project/appdirs/ (Merci Sam&Max)