Hééééé oui.  J'avais même automatisé ce genre de truc avec des scripts Python qui allaient taper dans les API Windows DCOM pour aller questionner les deux serveurs: http://sebsauvage.net/python/snyppets/#sqldmo (mais il me semble que Microsoft a pondu une nouvelle API qui déprécie SQL-DMO.)
C'est comme vouloir comparer la config de deux serveur HTTP: Avec Apache, tu compare simplement les fichiers texte de config. Avec IIS... tu te tire une balle pour extraire les méta-bases et tout le bordel de la MMC.