mmm... oui, c'est un des petits plus d'ownCloud (malgré les reproches que j'ai à lui faire): Il possède un chiffrement intégré (désactivé par défaut).
Donc même si vous merdez temporairement vos .htaccess ou que quelqu'un parvient à récupérer tous vos fichiers (par ftp ou ssh), ils ne pourront pas les lire.
Non seulement les fichiers sont chez vous, mais même si votre hébergeur se fait pirater et que le pirate récupère vos fichiers, il ne pourra pas les déchiffrer.   C'est autre chose que les iCloud à deux balles avec leur pseudo-chiffrement.
(Bien sûr la sécurité d'ownCloud dépend aussi de votre mot de passe, du chiffrement des communications (HTTPS) et de la sécurité générale du logiciel.)