Les fabricants de disques dur utilisent des réglages d'économie d'énergie par défaut assez agressifs (arrêt de rotation des plateaux, parkage des têtes de lecture, etc.). Si cela économise effectivement de la batterie, c'est nuisible aux performances et aussi à la durée de vie des disques. Typiquement, sur mon ordinateur portable Asus, on entend un parkage des têtes (un petit “clac”) systématiquement une ou deux secondes après la dernière lecture/écriture disque.
Windows ne s'embête pas avec cela et écrase systématiquement les paramètres constructeur. Linux les respecte, mais il faut mieux les forcer. J'ajoute donc dans mon /etc/rc.local la ligne suivante:

   hdparm -B 255 /dev/sda

Et finis les petits "clacs" du disque.

(Note: 255 désactive totalement l'économie d'énergie. Certains disques ne supportent pas la valeur 255: Dans ce cas, mettez 254).