À force d'années, votre répertoire /home contient sans doute une quantité invraisemblable de fichiers inutiles, sans doute même venant d'applications que vous n'utilisez plus. Même sans aller jusqu'à des solutions d'isolement genre firejail/bubblewrap, on peut cantonner simplement une application à son répertoire fin qu'elle n'aille pas placarder ses fichiers partout dans votre $HOME.
Pour cela, créez juste un répertoire pour cette application, et mettez dedans un script pour la lancer:

#!/bin/env bash
mkdir -p ./home 2>/dev/null
export HOME="$(readlink -f ./home)"
/usr/bin/monapplication

Au lieu de placer ses fichiers dans votre $HOME, elle écrira ses fichiers uniquement dans le sous-répertoire "home"
C'est trivial mais généralement suffisant pour éviter que le bordel se répande.

Notez que cela peut également être utile pour déplacer l'application avec toutes ses données, sur un autre compte ou une autre machine, ou encore pour sauvegarder d'un coup les données de l'application.