p'tain, ils bossent dur chez ffmpeg.  Le logiciel s'améliore constamment.
En fait, quand on a compris le fonctionnement de base des options de la ligne de commande de ffmpeg, c'est pas si compliqué que ça, et on en arrive assez rapidement à se passer des interfaces graphiques.
Quelques exemples: http://sebsauvage.net/wiki/doku.php?id=ffmpeg