Je n'arrive pas à croire que OwnCloud n'ait toujours pas par défaut un système d'upload de gros fichiers.
Donc si vous voulez uploader de *gros* fichiers sur votre OwnCloud, il faut installer ce plugin (dans le répertoire "apps" de votre install), puis activer ce plugin dans la config (c'est pas super intuitif).

Notez que pour que ce plugin fonctionne, il faut aussi installer le plugin suivant: http://apps.owncloud.com/content/show.php/App+Framework+for+ownCloud+6.0?content=162405
(Oui il est marqué pour OwnCloud 6, mais il marche sur la version 7.)

Ensuite vous aurez dans votre menu OwnCloud l'application "Large File Upload": Vous n'avez plus qu'à glisser sur la fenêtre les fichiers à télécharger et cliquer sur "Upload". Les fichiers seront par défaut téléchargés dans le répertoire "largefileupload". Il vous suffira de les déplacer.