Je ne l'ai pas essayé, mais de ce que j'en comprend le téléphone et l'ordinateur sur lequel tourne SignalDesktop doivent être sur le même LAN.
Ce qui me laisse penser que la version desktop se contente d'envoyer les messages à l'application Signal android qui se chargera du chiffrement et de l'envoi (vu que elle seule possède la clé).